Tutti vivono apparentemente sereni, ognuno con il proprio mestiere da svolgere in questo paese che sembra un’imitazione del modello della classica cittadina americana.
Le regole di Wayward Pines sono poche e relativamente inusuali: “Non provare ad andare via. Non parlare del passato. Non parlare della tua vita precedente. Rispondi sempre al telefono se squilla. Lavora sodo, sii felice. Goditi la vita a Wayward Pines”. Ethan scopre inoltre che l’intera zona è ripresa da telecamere a circuito chiuso e nei cespugli del paese sono nascoste delle piccole casse che riproducono il rumore di insetti e uccelli. Colpito dalle numerose stranezze, il protagonista ruba una macchina motivato a scappare dall’inquientante cittadina ma, dopo vari chilometri percorsi tra strade di campagna costeggiate da pini, l’unico punto in cui giunge è nuovamente l’entrata di Wayward Pines. Egli sembra destinato a dover rimanere imprigionato in quel luogo, ma non si dà comunque per vinto ed userà tutte le sue capacità da agente per scoprire i misteri che si celano dietro Wayward Pines e soprattutto per quale motivo egli vi si trovi segregato all’interno. Per farlo dovrà anche appellarsi ai propri ricordi: si accorgerà, infatti, che molti avvenimenti del suo passato sono in qualche modo collegati alla sua condizione attuale.